Haiku R1 cố gắng để tương thích với BeOS ở cả hai cấp độ mã nguồn và nhị phân, cho phép phần mềm viết và biên dịch cho BeOS có thể biên dịch và hoạt động mà không có chỉnh sửa nào trên Haiku. Điều này cung cấp cho người dùng Haiku một thư viện tức thì của các ứng dụng để lựa chọn (thậm chí các chương trình mà các nhà phát triển không còn kinh doanh hoặc không cập nhật chúng nữa), ngoài việc cho phép phát triển các ứng dụng để tiếp tục từ nơi họ đã chấm dứt sau sự sụp đổ của Be, Inc.

Việc cố gắng tương thích này có nhược điểm của nó — qua việc yêu cầu Haiku sử dụng một phân nhánh của trình biên dịch GCC, dựa trên phiên bản 2.95, phát hành năm 2001.[7] Việc chuyển sang phiên bản 4 mới hơn của GCC phá vỡ khả năng tương thích với các phần mềm BeOS; bởi vậy Haiku hỗ trợ xây dựng các ứng dụng như một môi trường hybrid GCC4/GCC2.[8] điều này cho phép hệ điều hành chạy cả hai tập tin nhị phân GCC phiên bản 2 và 4 cùng lúc. Những thay đổi được thực hiện để GCC 2.95 cho Haiku bao gồm ký tự hỗ trợ rộng rãi và backport của bản sửa lỗi từ GCC 3 và sau này.[9]

Lưu ý rằng tính tương thích này chỉ áp dụng cho các hệ thống 32-bit x86. Phiên bản PowerPC của BeOS R5 không hỗ trợ. Như một hệ quả, các kiến trúc ARM, 68k, 64-bit x86 và cổng PPC của Haiku chỉ dùng phiên bản GCC 4.

Mặc dù có những nỗ lực, khả năng tương thích với một số hệ thống add-ons sử dụng API riêng tư sẽ không được thực hiện. Chúng bao gồm các trình điều khiển hệ thống tập tin bổ sung và các codec media, mặc dù chỉ ảnh hưởng đến các add-ons trên BeOS R5 không dễ dàng tái triển khai bộ giải mã đa phương tiện Indeo 5 không còn đặc điểm kỹ thuật tồn tại.

Các ứng dụng nhị phân cua R5 hoạt động trên nền tảng Haiku (Tháng 5/2006) bao gồm: Opera, Firefox, NetPositive, Quake II, Quake III, SeaMonkey, Vision và VLC.